जगद्गुरु शङ्कराचार्य अनुसन्धान एवं प्रशिक्षण संस्थान, जगद्गुरु शंकराचार्य सनातनधर्म संरक्षण न्यास वृंदावन मथुरा द्वारा प्रस्तावित एक शैक्षणिक प्रकल्प है। वर्तमान में इसका एक लघुरूप वृंदावन में स्थित हैं। जहां वैदिक शास्त्रों का अध्ययन अध्यापन एवं प्रशिक्षण कार्य होता है इसके साथ ही गुरुकुल भी चलता है। जगद्गुरु शंकराचार्य अनुसंधान एवं प्रशिक्षण संस्थान का उद्देश्य समस्त वैदिक शास्त्रों में शोध एवं अनुसंधान करके इनके गूढ़ रहस्यो को जानने वाले लाखों विद्वान आचार्य तैयार करना है जिससे इन विद्वानों के माध्यम से इन समस्त शास्त्रों में वर्णित समस्त विद्याओं, कलाओं एवं विधाओं का ज्ञान सनातनी समाज को हो सके और इस प्रकार समाज में सनातनधर्म के शुद्ध स्वरूप की स्थापना हो सकें।
जगद्गुरु शंकराचार्य सनातनधर्म संरक्षण न्यास, वृंदावन मथुरा से पंजीकृत एक पारमार्थिक संस्था है जो कि पिछले कुछ वर्षो से वैदिक सनातनधर्म के संरक्षण एवं विस्तार के लिए कार्य कर रही है। यह संस्था सनातनधर्म के मुख्य अंग जैसे वैदिक गुरुकुल, देवालय, गौ आदि के संरक्षण एवं संवर्धन पर कार्य करती है। इनमें से भी मुख्य रूप से वैदिक शास्त्रों के अध्ययन अध्यापन की परंपरा को बढ़ावा देना संस्था का मुख्य कार्य है।